可陈菊那一刻却什么都不知道。因为，李克农并没有给他发出过任何关于顾顺章叛变的消息。其实，这也正这是李克农使出的一招险棋，他希望即便钱壮飞的身份已经暴露，只要陈菊还在，那这颗钉入国民党内部的钉子就一定会在必要的时候发挥出它至关重要的作用。彼时，陈菊正巧随陆军总长何应钦在广西公干，其实是国民政府秘密与李宗仁、白崇禧为首的广西军事势力为日后全面抗战进行谈判，回来后才得知发生了如此天大之事，虽然他心理素质极佳，得知此事后神色表情与往常并无二同，但从内心深处他又惊又疑，甚至接连三天三夜都紧张的没合一刻眼睛。

中央苏区第四次反围剿取得胜利之后，陈菊的身份已然暴露，他被迫通过秘密渠道，取道福建辗转回到了江西瑞金，可是中央苏区的局势却越来越对红军不利，1933年9月25日，国民政府军事委员会接受了德国顾问团的建议，以持久战与堡垒主义相结合的战略和以守为攻、合围之法的战术，调集百万兵力，从江西南部、福建西部开始对中共的苏维埃政权进行了铁桶式围剿，红军力战不逮，伤亡剧增，遂于1934年10月开始了史无前例的战略大转移，史称长征。

陈菊是在长征途中才与他国民政府的“同事”钱壮飞相识的，二人可以说一见如故。可惜，在1935年3月末，钱壮飞为侦察南渡乌江路线只身进入黔西县沙土区长坝乡梯子岩一带附近的丛林，随即失踪，后被判定为牺牲。陈菊得知这个消息之后痛苦万分，意志开始消沉起来，竟然养成了酗酒的恶习。虽说当时红军的供给极为困难，但陈菊一直随辎重和医疗部队行进，所以，除了红军在长征途中攻占部分县城可以找到现成的各类白酒之外，他一直靠医用酒精兑水来麻痹自己的神经，直到长征到达陕北后才逐渐好转。在陕北，陈菊被冷藏了将近三年，三年后，中共中央成立社会部，同时成立情报部，由苏联回国的康生为两部部长，李克农为两部副部长。在李克农的推荐下，陈菊被委任到情报部担任了情侦三处的处长，主要工作是应对和甄别日伪及国民政府暗中派遣到延安执行潜伏任务的特工。不过很是可惜，当号称军统十三太保之一的沈之岳来到延安之时，正值陈菊被派往苏联培训，因此二人失之交臂，让历史错了一场龙争虎斗的好戏。

中共截获这次德国军方电台发给日本驻上海屯驻军司令部的加长密电还应当在军统之前，当时，谁都没有想到德国人会异想天开的要在中国东北的这片土地上研发一种超级致命武器，所以，中共的情治机构高层很怀疑德国派出的所谓生物专家是来帮日本人研发细菌武器的，因为，日本军方的生化部队731极力掩饰的恶名，已经有部分传言流到中共和国民政府的耳朵里。陈菊在第一时间就受到委派，成为中共方面阻止这项计划的第一领导人。就在他准备从延安动身之际，中共又截获了军统驻海外的秘密联络点发往重庆的一份单字码电报，而这份电报，很清楚的阐述了德国人的计划内容，由此，中共才以得知德国人与日本人在远东合作的真实意图，陈菊由此连夜奉命赴沪。